بررسی ساختار bap در acinetobacter baumannii و یافتن بخشهای سطحی محافظت شده به عنوان کاندیدی برای تولید یک واکسن مناسب

acinetobacter baumannii یک پاتوژن فرصت طلب مهم است که به عنوان عامل تعداد زیادی از عفونت های بیمارستانی شناخته می شود. تمایل گونه های بیمارستانی به تولید بیوفیلم و ارتباط بیوفیلم با عفونت زایی و مقاومت این باکتری به طیف وسیعی از آنتی بیوتیک ها، به خوبی شناخته شده است. آنتی بادی های مونوکلونال علیه عوامل سطحی، می تواند برای مهار بیوفیلم و در نتیجه کمک به حل مشکلات ناشی از عفونت های این باکتری مورد استفاده قرار گیرد. مطالعه ی حاضر، به منظور غلبه بر تهدیدات ناشی از این پاتوژن، برای یافتن دومین های عمل کردی و حفظ شده از یک پروتئین سطحی دخیل در تولید بیوفیلم، با استفاده از ابزار بیوانفورماتیک، طراحی شده است. بیوفیلم پروتئین a. baumannii (bap) دارای یک هسته ی متشکل از تکرار های متوالی از هفت الگوی مختلف است که از a تا g نام گذاری شده اند. حفظ شده ترین قسمت ها و نیز دومین های هومولوگ با بالاترین امتیاز در همین هسته ی تکراری خصوصاً a ، b ، c و d یافت می شوند. توالی های مرتبط با bap از بانک های اطلاعاتی موجود استخراج شده و با توالی bap هم-ردیف شدند. فایل های هم ردیفی برای ساخت درخت های فیلوژنتیک به کار گرفته شدند. در این مطالعه محل قرار گیری پروتئین در خارج سلول و وجود سیگنال هدف سیستم ترشحی نوع اول در انتهای کربوکسیل پروتئین پیش بینی شد. همچنین ساختار های دوم و سوم پروتئین پیش بینی شد.در نهایت چهار ناحیه ی حفظ شده ی مهم از نظر ساختاری و عمل کردی از این پروتئین انتخاب گردیده و برای آن ها چهار جفت پرایمر طراحی شد. مطالعه ی آنتیژنسیته و حلالیت نشان می دهد که این نواحی کاندیدای مناسبی برای تولید آنتی بادی هستند.